染色瑪瑙與天然瑪瑙的顏***調不同，以前用有機染料染的瑪瑙顏色與天然品差距大。有機染料顏色艷麗，而易退色，明顯地呈現出假色”。

目前采用的無機顏料顏色更接近天然品，但只要認真觀察也能找到區別。從常見的三種顏色觀察區別如下：天然的紅色瑪瑙為正紅色，燒紅”的也一樣，顏色純正，而人工染色的紅色瑪瑙則是人工加入鐵離子化合物而呈的紅色，這種紅色常常有黃色調。藍色瑪瑙，天然產出品極少，多為一種寶石藍的藍色，并且常有不同程度的纏絲現象。而人工染色的藍瑪瑙由于加入了鈷鹽為紫羅蘭色，即藍中帶有紫色調的顏色，極少數情況下出現有寶石藍色的染色品，這需要通過進一步放大觀察等測試手段來確定。綠色瑪瑙的染色品與天然品顏色十分接近。但仔細觀察天然品為蔥心綠色，顏色柔和，而染綠色瑪瑙為翠綠色，顏色也較艷麗。